Domingos José Freire Junior formou-se doutor em medicina pela Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro em 1866, defendendo a tese intitulada “Albuminúria e lesões patológicas dos rins”. Serviu ao Exército Imperial como Cirugião-Mór da brigada durante a Guerra do Paraguai. Ao retornar ao Brasil, tornou-se Oficial da Ordem da Rosa e foi condecorado com a Medalha da Campanha do Paraguai.
Ingressou em sua carreira de acadêmico, através de concurso, tornando-se lente de Química Orgânica em 1874 da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro e posteriormente em 1880, professor interino da Escola Politécnica.
Foi pioneiro nas pesquisas sobre febre amarela e desenvolveu uma vacina para a prevenção da doença.No final de 1883, através do Aviso nº. 4.546, o Ministério e Secretaria de Estado de Negócios do Império concedeu-lhe autorização para inocular sua vacina na população do Rio de Janeiro. Foram mais de 2.000 pessoas vacinadas com êxito.
Eleito Membro Titular da Academia Nacional de Medicina em 1885, apresentando a memória intitulada “Ptomanias da Febre Amarela”. Em fevereiro de 1892, o Ministério do Interior, pelo decreto nº. 1.171 criou o Instituto Bacteriológico Domingos Freire, anteriormente denominado Laboratório de Bacteriologia.
Assumiu a direção do Museu Nacional em 1893, quando a instituição já se encontrava no Paço de São Cristóvão. Obteve grande reconhecimento nacional e internacional devido a seu trabalho como bacteriologista, principalmente por ter reivindicado a descoberta da febre amarela e ter desenvolvido a vacina que inoculava a doença.
Foi homenageado tendo seu nome em um logradouro público, Rua Domingos Freire, no bairro de Inhaúma, na cidade do Rio de Janeiro. Faleceu em 21 de agosto de 1899, no Rio de Janeiro.
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