A história do prédio está ligada à população indígena desde 1865, quando Luis Augusto Maria Eudes, duque de Saxe e genro de Dom Pedro II, doou o espaço à União para a construção de um centro de investigação da cultura indígena.

Em 1910, o Marechal Rondon criou, no prédio, o Serviço de Proteção ao Índio (SPI), atual Funai. Depois de anos de pesquisas etnológicas e linguísticas, e de registros de aspectos das culturas indígenas, em 19 de abril de 1953 foi inaugurado no local o Museu do Índio.

Em 1977, ele foi transferido para o bairro de Botafogo, sob a alegação de que o prédio teria de ser demolido para construção de uma estação do metrô. O local guardava um acervo de 16 mil livros sobre a cultura indígena e era visitado por cerca de 3 mil pessoas diariamente. A estação do metrô não saiu do papel.

Em 1982, o Ministério da Agricultura cedeu o espaço à Cobal, que passou a organizar uma feira semanal no local. Como o prédio já estava em más condições de conservação, o evento ocorria no quintal. Mas, logo depois, a feira foi suspensa por falta de movimento. Em 1987, o Ministério da Agricultura anunciou um plano para transferir para o imóvel os seus funcionários que trabalhavam no Centro.

A prefeitura também chegou a estudar um projeto para recuperar o imóvel, que acabou não vingando. Desde 2006, quando o local foi ocupado por índios, discute-se a demolição.